新疆解放后，苏联仍然继续在当地的中国公民中大量散发非法苏侨证件，鼓动他们加入苏籍，并移居苏联。例如，从1958年2月8日到1959年3月6日，苏联领事馆共发放4575本侨证，其中只有15户是经过伊犁州公安局的批准的。1959年7月，仅在伊犁州的两个县中就发现有80多本非法苏侨证，一些人根本不是苏侨而是中国人，但也能得到苏侨证。 解放后苏侨人数的变化也能说明问题。1953年，新疆外事机构对全疆苏侨情况进行了一次调查，伊犁地区的调查结果为，伊、塔、阿三个专区共有苏侨86757人。 1954年迁返苏侨工作开始后至1959年，伊犁州共遣返去苏132873人，其中苏侨86890人。以此言之，如果伊犁州的苏侨在此期没有发展，应该已全部遣返完毕。但根据后来的统计，1960至1963年，全州仍有苏侨11310人。
关于新疆苏侨的遣返问题。
苏联在战后积极提出恢复原苏联公民的国籍，并在各地大量发展苏侨的主要目的，是为了解决由于战争使人口锐减而造成的劳动力严重匮乏的问题。于是，在50年代初便出现了新疆苏侨回国之事。1954年4月，苏联政府单方面决定遣返在中国的苏联侨民。是月23日，苏联驻华大使馆向中国外交部提出：苏联决定自中国遣送6000户苏侨至苏联的高加索、西伯利亚、哈萨克斯坦等地开荒。外交部认为，这是一件重大复杂的政治任务，应予以大力协助。
确定中国对此次苏侨回国应采取主动配合，积极协助，适当照顾，给予方便，尽快送走的方针，要求各有关部门共同协助办理，各地方成立内部的“协助苏侨回国委员会”，具体工作由外事处、公安局共同抓并设立办公室。以后，自治州和各地区成立了“迁侨委员会”。
据苏联驻伊宁领事沈申自北京苏联大使馆开会回来后对中共新疆分局所谈：1954年当年，新疆苏侨仅从伊犁区遣送500户，其他地区暂时不动。遣送对象不分民族、职业，主要是有劳动力、适于开荒的人。遣返办法是，由苏联领事馆发布公告，让苏侨自动报名登记，报名名额不限。然后，由领馆从中审查挑选500户遣返。计划在6、7、8三个月办完此项工作，9月1日前全部动身，由苏联对外运输公司负责运送。
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