最后是处理：
除要求甘肃省委和省政府向党中央作出深刻检查，时任主要负责同志认真反思外，三名省部级干部被问责。
比如，甘肃副省长杨子兴：
分管祁连山生态环境保护工作，在修正《甘肃祁连山国家级自然保护区管理条例》过程中把关不严，致使该条例部分内容严重违反上位法规定，对查处、制止违法违规开发项目督查整改不力，对保护区生态环境问题负有领导责任，给予其党内严重警告处分。
甘肃省委常委、兰州市委书记李荣灿（时任甘肃省委常委、副省长）：
对分管部门违法违规审批和延续有关开发项目失察，对保护区生态环境问题负有领导责任，由中央纪委对其进行约谈，提出严肃批评，由甘肃省委在省委常委会会议上通报，本人在甘肃省委常委会会议上作出深刻检查。
甘肃省人大常委会党组书记、副主任罗笑虎（时任甘肃省委常委、常务副省长）：
对分管部门违法违规审批和延续有关开发项目失察，对保护区生态环境问题负有领导责任，由中央纪委对其进行约谈，提出严肃批评，由甘肃省委在甘肃省人大常委会党组会议上通报，本人在甘肃省人大常委会党组会议上作出深刻检查。
甘肃省国土资源厅厅长、原林业厅厅长等四人被撤职。
上至省部级，下至县处级，一堆官员被严肃处理；而且，这是政治局常委会专门听取督查报告后作出的决定。
环保部有关负责人表示，中办、国办专门就祁连山自然保护区问题发出通报，“其重视程度之高、处罚力度之大、产生震撼之强、影响范围之广，具有历史性、标志性意义”。
