此外，吉布提还与法国和美国建立了情报共享机制。外国驻军还帮助吉布提训练军队和警察，打击海盗和极端势力，为吉布提打造航运中心营造了良好条件。而除了与吉布提历史渊源久远的法国驻军外，最引人注目的则是美军基地和日本自卫队基地。
20世纪90年代开始，美国向吉布提提供各种经济与军事援助。“9·11”事件后，吉布提积极配合美国全球反恐战略，两国于2001年签署协议，允许美军在吉设立地区反恐指挥中心，即“非洲之角联合任务部队（Combined Joint Task Force-Horn of Africa）”，位于勒莫尼耶基地（Camp Lemonnier）。基地主要用于反恐和人道主义救援等。这座位于吉布提市安布利国际机场南部的美军基地，逐步成为美国在非洲无人机与监测基地网络的核心和区域大型空军基地。美军在索马里开展军事行动的战机常常从该基地起飞。
而日本自卫队驻吉布提基地的出现则与2009年，日本根据《海盗行为的处罚和应对海盗行为法》（「海傩袨椁蝿I罰及び海傩袨椁丐螌潉Iに関する法律」）派遣海上自卫队到亚丁湾海域护航密切相关。当时，没有军事基地的海上自卫队只得借用美军基地做休整和补给。2009年4月，在吉布提外长尤素福访日期间，双方签署换文确定吉布提港为日本海上自卫队后勤补给基地。不久，日本向吉布提租用一块12公顷土地修建基地。正是在这一年，日本共向吉布提提供3500万美元援助，其中签署的四项双边无偿援助协议达23.77亿日元（约2640万美元），较2008年激增174.8%。
放日本驻吉布提自卫队基地
2011年7月，日本自卫队基地正式启用。不过，根据日本《自卫队法》等法律，其海外基地的活动和保有期仍受限制。然而，2013年到访吉布提的日本首相安倍晋三首相表示，日本不仅保留在吉布提自卫队基地，还要建成多用途的基地，同时配合美军的行动。2015年5月，日本海上自卫队第4护卫队群司令伊藤弘开始担任负责联络协调参与索马里护航多国海军的司令。而这成为日本自卫队创立以来，首次担任多国部队司令官。通过参与打击海盗，日本海上自卫队实现了历史性突破。
