1947年，钱学森与著名的声乐家蒋英结婚，她是蒋百里和其日本妻子的女儿。蒋百里是中国国民党领袖蒋介石的高级军事专家。 50 年代，钱学森申请成为美国公民，此后不久，他就被控告是一名共产党员，他的安全审查被判无效。美国联邦调查局在1938年从美国共产党的一份文件中找到他的名字。在他发表声明后，美国政府将他关押在长滩边的一个孤岛上。海军部副部长Dan Kimball竭力将钱留在美国境内，他说“这是这个国家所作的一件愚蠢的事......我比他更像一个共产分子，是我们把他逼走的。”
毛泽东与钱学森席间谈笑
周总理接见钱学森
钱学森成为中美之间五年秘密外交和谈判的课题。在这段时间内，他实际是被软禁在家里。钱感觉到他自己同美国移民和归化署之间的冲突，包括一次由于携带机密文件而被捕，而这些文件其实是非常简单的对数表。在这期间，钱得到了他在加州理工学院同事们的支持，包括加州理工学院的校长Lee DuBridge——他坐飞机到华盛顿为钱辩解。加州理工学院委托律师库珀为钱学森辩护。后来，库珀说，“(美国)政府批准将这位天才——科学天才——送给中国政府，让他们利用他的智慧，这是本世纪的悲剧之一。"
