宋朝抑兵太甚，版图收缩，国力疲弱，于是日本便不再朝见中国天子，而向北方势力日盛的辽国称臣，只是从中国引进历法、医药、印刷等技术。
到明朝时，更有日本民众自发组成团队到中国沿海行杀人越货之事。明史记载倭人“载方物戎器，出没海滨，得问则张其而肆侵略，不得则陈其方物而称朝贡。”开始时，他们还假装是入贡使者，一有机会则杀掠而去，没机会就呈上土产换取赏赐。明太祖洪武二年四月，倭寇数次侵掠苏州、崇明，杀略居民，劫夺货财。此后倭患连年不断。
到明成祖时，其规模越来越大，大的寇群多达万人，小的数百人，其据点深入沿海各省，到处为害，已形成一股极为残暴的海盗武装，其所侵犯的地方，无不杀个鸡犬不留。如成祖三十四年，拓林一带倭寇“犯乍浦，海宁，攻陷崇德，转掠西塘、双林、乌 镇、菱湖诸镇、杭城数十里外流血成川，巡抚李天龙束手无策”…成祖四十一年春，“倭馅福建永宁卫，大掠数日而去。
复攻永宁城，破之，大杀城中军民，焚毁几尽”。总计沿海倭寇肆虐达七十八年之久，明朝天下骚动，耗费国库巨额经费，军队死伤数十万。后经戚继先等与之苦斗多年，才告平息，但中国也因此元气大伤。而倭寇屠杀中国居民十多万，抢劫财产难以计数，更从此开始轻视中国。
