在军队的统一指挥、南进策略等许多问题上，彭、金存在严重分歧。
彭、金之间矛盾甚多，首推中朝军队统一指挥权问题。志愿军数十万部队入朝后，金日成已意识到由朝方统一指挥中朝军队并不现实，转而努力希望保持人民军指挥的独立性。但彭德怀另有考虑。
彭曾在给中央军委的电报中提到：“朝鲜党征兵问题异常严重，16~45岁男子全部征调入伍。入伍工人家属无人过问，一般群众没饭吃。一切无长期打算，孤注一掷的冒险主义从任何方面都可以看到”；
“军事指挥异常幼稚，19日下令死守平壤，结果3万人未退出多少”……可见其对朝鲜方面的军事指挥能力缺乏信心。第一次战役期间，双方因协调乏力，朝鲜党政军民撤退堵塞道路导致“志愿军行军作战受阻”、人民军误击志愿军等事件多次发生，则促使彭开始考虑军队指挥权归属的统一。
但金日成在这个问题上相当敏感，拒绝配合，坚持双方只派参谋担任通信联络，不同意让人民军总部靠近志愿军总部。彭希望留下人民军第6师协同志愿军作战，金日成则坚持将其调走；
彭提出第二次战役后撤几十里设伏，朝方则联合苏联驻朝军事顾问表示反对。此事最后闹到莫斯科，由斯大林亲自拍板表示“完全赞同由中国同志来统一指挥”，才算告一段落。
彭、金在朝鲜战场上芥蒂颇深，亦延及到了战场之外。据志司参谋杨迪披露，“1952年4月15日，是金日成40岁生日，朝鲜方面要举行祝寿庆典，三次请彭德怀同志去参加祝寿活动，每次都是派党政军最高级领导来邀请，彭总就是坚决不去。
