李显龙子女中排行老三的李鸿毅1987年出生，2007年服兵役期间曾闹出一桩沸沸扬扬的新闻。据雅虎新闻网报道，当时，他在军中传播一封投诉同事的电子邮件，此举触犯国防部守则，受到惩罚。李鸿毅曾获得公共服务委员会海外优异奖学金，赴美国麻省理工学院攻读经济学，之后在谷歌工作过两年，任产品经理。
李显龙曾在接受媒体采访时表示：“从目前来看，我的孩子对政治不太感兴趣。”
1978年，李显龙与马来西亚籍女子黄名扬结婚，他们也是相识相恋于英国剑桥大学。1982年，黄名扬生下第二个孩子仅三周后，因心脏病猝死，年仅31岁。
她身后留下只有19个月大的女儿李修齐和患有白化病的幼子李毅鹏。这是李显龙人生中的第一个重大打击，他后来形容那段时光是自己“生命中最黑暗的时刻”。1985年，李显龙与在新加坡国防部担任工程师的何晶结婚。自2002年，何晶担任政府控股的新加坡淡马锡公司执行董事兼总裁。
