李光耀和妻子共育有2子1女。长子李显龙1952年出生，是新加坡现任总理。1978年，李显龙与马来西亚籍女子黄名扬结婚，他们也是相识相恋于英国剑桥大学。1982年，黄名扬生下第二个孩子仅三周后，因心脏病猝死，年仅31岁。她身后留下只有19个月大的女儿李修齐和患有白化病的幼子李毅鹏。
这是李显龙人生中的第一个重大打击，他后来形容那段时光是自己“生命中最黑暗的时刻”。1985年，李显龙与在新加坡国防部担任工程师的何晶结婚。自2002年，何晶担任政府控股的新加坡淡马锡公司执行董事兼总裁。
李光耀的女儿李玮玲1955年出生，她是新加坡国立脑神经医学院的院长，至今单身。李玮玲21岁时和一名医生进行人生第一次约会，当时他们共赴一个宴会，李玮玲对参加者全是富人名流不满，于是很快与这名医生分开。李玮玲曾在新加坡《海峡时报》发表题为《我为什么保持单身》的文章。她在文中说：“首先，我无法想象自己成为母亲那样的妻子和母亲，她为我设立的标准太高;其次，我的性情与父亲相近。”李光耀曾对她说：“你具备我所有的品质，它们也成为你的缺点。”
李光耀小儿子李显扬1957年出生，1995年至2007年担任新加坡电信总裁兼首席执行官，2009年担任新加坡民航局主席。李显扬的太太是新加坡著名经济学家林崇椰教授的女儿林学芬，她是剑桥大学法律系毕业生，创办新加坡斯坦福律师事务所，是环太平洋律师协会的前任主席。李显扬和林学芬1981年结婚，育有3子。
