为此，毛泽东一度甚至决定要组织15万精兵从华北打到国民党大后方去，以粉碎蒋的剿共阴谋和封锁计划。《毛泽东关于击破蒋介石反共降日的战略部署致胡服电》，1940年11月3日；《毛泽东关于准备对付黑暗局面是全党中心任务问题致周恩来电》，1941年11月3日；《毛泽东给季米特洛夫、曼努伊斯基的信》，1940年11月4日，等。此举虽因共产国际明确反对而未实行，但是，1941年1月新四军皖南军部在北移过程中被国民党军歼灭7000人的严重事变，还是促成了中共中央与国民党中央政府关系的破裂。
事变发生后，尽管党内和莫斯科都怀疑蒋介石全面破裂国共关系的可能性，但是，毛泽东和中共中央坚信两党关系已无好转的可能。毛泽东为此与共产国际之间还发生了前所未有的意见分歧。
双方电报你来我往，互不相让。1月20日，共产国际总书记季米特洛夫刚刚以私人名义致电毛泽东，劝告毛泽东继续利用日蒋矛盾，要求中共集中火力打击国民党亲日派，不可另起炉灶，不要主动破裂与国民党关系，以免上亲日派的当。
次日，毛泽东就以中共中央的名义向莫斯科提出了打通甘肃至四川，直捣重庆的军事反攻计划，明确询问斯大林可否在秋冬或明春给中共以直接的军事援助。《季米特洛夫致毛泽东电》，1941年1月20日；《中共中央致季米特洛夫电》，1941年1月21日。注：1月25日毛泽东才收到季米特洛夫20日发出的电报。
在毛泽东主持下，中共中央于1月29日通过了《中央关于目前时局的决定》，明确宣布：皖南事变“是蒋介石领导的国民党由革命到反革命的转折点或分水岭”，“蒋介石所代表的大地主大资产阶级已经日益反动，毫无希望了”。
今后，“我们努力的方向是，动员全国人民，孤立与克服大地主大资产阶级及其首领蒋介石的反动，使一切主张抗日与民主各阶层的人民代表去代替反动了的大地主大资产阶级，组织抗日民主的国防政府，执行抗日救国的革命政策，进行胜利的抗日战争，驱逐日本帝国主义，建立独立自主的中华民国”。《中央关于目前时局的决定》，1941年1月29日，《中共中央文件选集》第13卷，第26 30页。
上述决定显示，中共中央已经准备另立中央政府，彻底否认蒋介石的中央政府了。毛泽东当天还专门向共产国际总书记季米特洛夫通告了中共中央的这一决定，并要求得到共产国际的支持。
