政治主张：主张"大陆不武、台湾不独"，认为"不论统一或独立，都不是当前应该实行的事情，而是一个长远的问题，有待将来解决。"
2011年6月19日，台湾地区领导人马英九宣布吴敦义为2012参选副手。
2012年1月14日，领导人选举结果揭晓，中国国民党候选人马英九、吴敦义搭档以过半得票率当选。
吴敦义胜选谈话：国民党若重执政一定尊重“九二共识”
中国台湾网5月20日讯 吴敦义今（20）日当选中国国民党主席后，于晚间9时30分许在竞选总部发表当选感言表示，非常感恩能承担下一任中国国民党主席的重担，一定会全力以赴。他强调，若国民党能赢回执政机会，一定会尊重1992年两岸达成的“九二共识”，确保两岸和平稳定发展，并以此作为国民党最重要的两岸政策。
据台湾“中央社”、《中时电子报》等媒体报道，吴敦义在胜选感言中诉求“精诚团结”。他表示，唯有精诚团结，一心一德，才能克服艰难。国民党现在面临的情势十分艰巨，团结都不一定能振兴党，如果不团结就没有任何机会。
