1993年8月当选第14届中央委员、中常委。
1994年12月当选第1届高雄民选市长，1997年8月当选第15届中央委员、中常委。
1998年1月被聘为国际佛光山"中华总会"顾问。
1998年12月竞选连任高雄市长失败。
1999年3月被聘为"国家统一委员会"第6届委员。
1999年5月~2000年5月获聘为"领导人府资政"。
2000年7月任"救国团南投县团委会主任"。
2001年7月获聘为国民党第16届中央评议委员、中央评议委员主席团主席。
2001年12月当选为南投县第五届区域"立法委员"。
2004年12月当选为南投县第六届区域"立法委员"。
2006至2009年担任国民党秘书长。
2008年1月当选为南投县第七届区域"立法委员"。
2009年9月7日，吴敦义为台湾当局行政院院长。2009年9月10日吴敦义率台湾新内阁宣誓就职并辞去"立法委员"职位。
