NED还不遗余力支持疆独、藏独活动。据其公布的资料看，NED2009年对藏独组织拨款469，781元，2010年的拨款数额391，000元，同期对中国疆独组织的拨款从2009年的529，502元暴增至2010年的821，804元，其增长幅度为55%。
NED所承担的使命，正是美国中央情报局过去一直从事的工作。唯一的区别是，中央情报局是美国政府机构，它用隐蔽的方式从事输出民主的战略，而国家民主基金会则是以非政府组织的身份公开从事输出民主的活动。美国学者威廉•布卢姆在谈到国家民主基金会的建立时说，建立国家民主基金会就是基于这样的观念：
“国家民主基金会将公开去做那些过去几十年来中央情报局一直秘密去做的事情，以便洗去与中央情报局联系在一起的恶名”。
而帮助建立国家民主基金会的艾伦•温斯坦对此供认不讳。他说：
“今天我们(国家民主基金会)所做的很多事情，正是 25年前中央情报局秘密去做的那些事情。”
冷战结束后，中国即成为国家民主基金会集中主要精力全力对付的国家之一。
3、Atlas Corps鼓吹NED成就非凡，鼓吹NED对中国的分裂工作
2013年11月份，阿塔拉斯公然高调在网站上发布庆祝“美国国家民主基金会”成立30周年的消息，足可见两者的关系紧密程度。
Atlas Corps歌颂NED在国外取得了非凡的成就：
“为全世界数千名民主人士提供技术、物质和道义支持。”
