但国务院在听取多方意见之后，还是决定上中国自主研制干线飞机项目。1986年12月4日，国务院125次常务会议明确作出“自主研制干线飞机”的民机发展方针。于是，所谓在老干线项目上马了。
但在航空部的“领导之下”，以后的几年内航空工业内部在多种问题上争论不休，历时近三年半时间，直到1992年初可行性研究报告才上报。但一部分人“为了提高项目的起点”，又一次主张同国外合作。当时中国分别向国际知名商用飞机制造商波音、麦道和空中客车工业公司发出了项目建议书，波音、麦道很快做了响应。
1988年中国与波音进行了为期四个月的联合可行性研究。当时参加了这个可行性研究的赵国强提起这一段历史，心中仍是无比的愤懑：“当时我们与波音合作很顺利。部里一个人路过西雅图见到我时，突然说你还搞这个呀?转向了!我问转哪里了，他说转南边的麦道了!原因是什么呢?我后来听大家传，说是部里的领导去波音访问，觉得对方接待太冷谈。”
不管上面说法的虚实，但受到MD82组装项目的牵制，本来试图自主研发的老干线项目，最终被篡改为合作生产20架MD90。然而1997年麦道垮台，随后被波音兼并，MD90项目于2000年生产出两架飞机之后，走到了尽头。但是上海飞机制造厂进口MD90配件加上制造费用，却远远大于进口价格，这个项目成了个彻头彻尾的亏损冤大头项目，上海飞机制造厂难以为继，把本来因波音兼并麦道而取消的合同变成了自己取消合同并赔款，负债累累。
老干线的演变使中国人自己设计制造飞机的愿望落空，但中国人自己造飞机的心不死。1993年11月，国务院下发了由国务委员宋健召集的上海干线飞机会议“纪要”(***、副***批准)，指出“要下决心，不失时机地研制我国自己的、掌握知识产权和总体设计技术的150座级以上的干线飞机”，“在借鉴‘运10’飞机的经验和通过组装麦道飞机掌握的设计技术、管理方式及提高生产能力的基础上，研制自己的干线飞机”。但这次会议因为种种原因，没有贯彻。
1994年在沈阳召开了关于AE100上马的会议，******和军委的有关领导出席了这次会议。这次会议后，民航业开始流传这么一句据说是军委首长在会上的讲话：“美帝国主义不可靠，航空部不可信。”
但是随后，航空工业界内出现了“上干线还是上支线”的激烈争论。而中航总提出的，是中国民机工业发展“三步走”的计划：第一步是中美合作制造/装配麦道80/90系列飞机，由麦道提供技术;第二步是与中外合作研制100座级飞机，约在2005年服役;第三步是自行设计、制造180座级飞机，2010年实现。
