而军用运输机主要供应本国军方。它的设计和研制，主要需要军方通过，与民用机适航标准的管理制度和技术标准不同。研制的标准不同，便会造成多方面设计上的差异。
此外，从飞机的总体布局上来看，两种飞机都需要降低空中巡航的阻力，以便提高飞行的经济性。飞行阻力最小的形式是纺锤形机身，加上中翼的位置，民用客机的外形很接近这种理想状态。只是由于飞机起飞和着陆时需要抬起机头增加机翼对气流的迎角，为避免起落架做得过长同时不使机尾擦地，机身的后部略为向上斜削，稍许偏离了纺锤形流线体軕对称的标准外形，这样做增加的阻力不多。这样的布局使飞机在地面停放时的客舱门离地面有一定高度，使旅客上下必需使用登机梯。旅客机的使用环境是地面设备完备的机场，登机梯一般作为航空港配备的地面设备。旅客机如遇意外不得不在没有登机梯的环境着陆时（如起降时发生意外而冲出跑道）旅客则可通过机上贮备的充气滑梯离开机舱。
但是对军用运输机来说，它的用途是载运坦克大炮等军事装备在抵近前沿阵地的野战机场着陆，跑道和地面设备都不如航空港完备。因此军用运输机的货舱地板应该尽可能接近地面，舱门打开就可以成为车辆开出机舱的跳板。这种使用要求使飞机必须采用上单翼型式，使机舱内有通畅的无障碍装载空间。机舱的地板则尽可能贴近地面，这样使机身的后部为避免飞机起飞着陆时擦地而不得不采用更加明显的上翘的外形。这种外形使飞机在巡航中产生可观的阻力，产生的分离气流也对飞机的操纵稳定产生不利影响。这是为满足特定的使用要求所不得不付出的代价，基本上已成为世界军用运输机在全机布局上的明显特点。
在具体的设计细节上，军用运输机与民用客机也有许多差异。例如旅客机的客舱地板承受的是旅客在上面乘坐或走动的分布载荷，地板的局部刚度，要求能承受一般女客的高跟鞋铅笔形鞋跟的压力而不压出凹坑来。但军用运输机的货舱地板，却必需能承受坦克开进开出时履带的辗压。按这样的要求设计出的舱面，如果用来运送衣物，电器等日用货物，或者单纯载运人员，其结构重量效率是很低的，经济上很不合算。
