二战后合作 因韩国客机事件闹矛盾
开始，NSA在东京的“哈迪军营”(Hardy Barracks)里设立了一个办公室。通过这个办公室，NSA与日本的监控机构讯号情报局(SIGINT)合作，用假身份秘密进行地下监控活动。
随着两国关系的加强，NSA逐渐认为不再需要在日本隐藏身份。在2007年10月23日的一份文件中，NSA宣布关闭在哈迪军营中的办公室，“为了让NSA和日本的关系进入另一个阶段”，将办公室直接搬到了东京的美国大使馆内。
但是在这之前，日本曾因为1983年韩国客机被苏联击落事件一度暂停了与NSA的合作。
1983年9月1日，韩国大韩航空公司007号客机偏离航道，飞向了苏联部署在远东地区的战略弹道导弹基地，随后被苏联空军导弹击落，机上269人全部遇难。发生在冷战末期的这起事件当时震惊了各国，随后西方阵营加强了对苏联的合围。
在事件刚发生后不久，苏联否认击落了客机。但日本的一个监控站却截获了苏联军方当时的通讯，显示正是苏联发射的导弹。美国在与日本当局多次协商后，获得了这份通讯记录。
此后，美国驻联合国大使柯克帕特里克(Jeane Kirkpatrick)在联合国安理会上直接播放了苏联军方的通讯，并指出通讯是在与日本政府合作下截获的。
这一举动虽然坐实了对苏联的指控，却惹怒了日本政府，日本官员认为美国在全世界面前暴露了日本的监控能力。这之后，日本限制了该国监控机构与美国的合作，NSA也受到了影响。两国监控机构的关系一直到冷战结束后才恢复正常。
