中学时代的邓稼先，已经不再是个顽童了。变得越发喜爱数学和物理。这个时候，他开始读鲁迅等人的著作，和众多的国外小说。他常常对弟弟邓槜(zui四声)先说：屠格涅夫的《罗婷》里有句话说：不要做言语的巨人，行动的矮子，这话说得太好了。此时的邓稼先的思想已经开始逐渐走向成熟。
就在他的人生观开始萌芽的时候，平静的学习生活被侵略者践踏了。
1937年7月7日，日本发动了震惊中外的七七事变，7月29日，北平沦陷。
1937年后的一天，发生了一件事，让邓稼先终身难忘。在北平沦陷后，父亲有个老朋友很快就在伪政府里谋了一个差事，拿着伪政府发的薪饷。有一天这个朋友夹着公文包前来拜访，叫邓以蛰去伪政府任职。邓以蛰立即勃然大怒，对来人喝斥道，你给我滚出去。这件事多年后邓稼先数次和弟弟提起。
那个年代，日军每攻占我国的一个城市后，都要强迫市民游行庆祝他们的所谓胜利。有一次邓稼先实在无法忍受心中的屈辱，当众把一面日本旗撕得粉碎，并扔在地上狠狠踩了又踩。这事发生后，为安全起见，邓以蛰只好让大姐带着邓稼先南下昆明。
临走时，父亲对他说，稼儿，以后你一定要学科学，不要学文，学科学对国家有用。邓以蛰并不是什么科学救国论者，他只是凭着自己的经验，寄希望于邓稼先。但这句话，却深深地印在了邓稼先的脑子里。
而邓稼先在和弟弟告别的时候，也对弟弟说了一句话：毛弟，我现在只有仇恨，没有眼泪。这句掷地有声的话表明：邓稼先已经成为了一个爱国主义者，并且，这成为他一生的选择。
1940年的春末夏初，邓稼先等人一行乘船南下到达上海，稍作停留后继续南行抵达了当时在英国管辖下的香港。四天后，他们的船又向南开到了越南的海防，再乘车到达河内，从河内经过老街进入中国境内，最后抵达昆明。到昆明后，大姐很快把邓稼先送到了在四川江津国立九中任校长的四叔那里，插班读高三，次年7月，邓稼先在国立九中毕业。
1941年秋天，邓稼先考上了西南联大物理系。西南联大被后人誉为战火中的教育奇迹，也是当时的最高学府，而在物理系，更是汇集了众多知名专家和教授。测得普克朗常数的叶企荪，对证实康普顿效应有贡献的吴有训，对证实正电子存在有过帮助的赵忠尧，等等。
这里的名师严教使邓稼先的学业如鱼得水，他读书的劲头比中学时期更进一筹。并且在各个科目上都打下了坚实的基础。
