在日本阻止中国军队一时还不能进入东北的情况下，“是遣陆军入其界内，恐一时尚办不到，日人之作梗如此”。袁世凯主张采取灵活变通的办法，将军队秘密派往。他的办法是：“拟在陆军内随时密□，将弁头目零星改装前往，再由关内招募壮丁，只杂入赴东苦工内陆续东行，先成一二营至五六营，编伍训练，或托名巡警，或托名巡防，如日军不生阻扰，便可竭加增添，倘其猜疑作梗，再另行筹商。”袁世凯还认为，为保证此项办法得以实施，必须严守秘密，暗自操作，即不必请示清廷，“此为相机试办之法，只无确切把握，暂不必具折奏明。只不必多用文牍，恐有泄露，重生阻力”。(23)
袁世凯采取非常的手段收复东北主权，而且为了减少麻烦，严守秘密，不向清廷汇报，只求收复失地的效果，这种行为是无可厚非的。像袁世凯这样积极收复东北主权，当时在满汉官员中是不多见的。
日俄战争之后，1906年11月7日，中日两国在北京会商，实际上是确认沙俄转让给日本在“南满”的权益。中方的谈判代表为：全权代表军机大臣兼总理外务大臣庆亲王奕匡，军机大臣兼署外务部尚书瞿鸿禨，直隶总督兼北洋大臣袁世凯。随员为署理外务部右侍郎唐绍仪、商部右参议杨士琦、外务部右丞邹嘉来、翰林院检讨金邦平、商部主事曹汝霖。(24)
谈判伊始，奕匡就以年老事冗为词而离席，在以后的谈判中多请病假。瞿鸿则很少发言，中方谈判的全权代表实际上为袁世凯。谈判的大局是确认日本从俄国转来的中国“南满”权益，这是任何人也扭转不了的。但袁世凯等在谈判中，在承认日本获取权益的同时，极力限制和防止日本在东北权益的扩张。
谈判伊始，日本代表先发制人，拿出一个十一条大纲作为谈判的基础。这个十一条大纲，除第1条日、俄军队撤出后由中国在该地方布置行政机关以维持地方秩序，第11条“满韩”交界陆路通商彼此应按照待最优国之例办理，第6条中国承认俄国转让给日本的“南满”利益外，其余8条或是对中国主权的干涉，或是对中国权益新的掠夺。
