正如吴玉章所说：“人们对沙俄的痛恨，还把同情寄予日本方面，听到日本方面打了胜仗，大家都很高兴。”(16)王芸生也曾说过同样的话：“中国久受俄人凌虐，故当日俄战争期中，一般皆怀兄弟急难之义，虽云中立，在精神上和物质上均为日本之助。”(17)作为政府官员的袁世凯也是这样，他表面中立，实则偏向日本，而且还为日本提供一些人员方面的支持，如派吴佩孚与日本情报人员一起，深入东北地区，为日本收集情报等。
加上他这一时期在北洋以日本为榜样，大力推行新政，聘请了一大批日本军事、警政、教育等方面的人员为教官和教习，对日本表示友好，因此一些日本人把他作为亲日派来看待，“那么就有这样一个结论，袁世凯被划入亲日派的巨头之中”。(18)“日本外交官和军人都把他视为独一无二的朋友”，“在当今中国没有比袁更高明的人才，中国政府今后必定归他掌管，因此，现在如拥护他的立场，他则必定感恩戴德，更加采取亲日主义”。(19)
而实际上，袁世凯是一个非常讲求实际的实用主义者，在1898-1907年间所谓的中日关系“黄金十年”(20)的大环境中，他有亲日的倾向是很正常的。但袁世凯决不是一个亲日派，当时是一个具有一定民族情感的官僚，日俄战争之后他对东北主权的维护和对日本侵略的抵制就是很好的说明。
日俄战争以日胜俄败而告结束。战争一结束，袁世凯就迅速做出反应，立即派军队和行政官员接受地面，恢复行使中国主权。他说：“日俄方分期撤兵，清理地面为目下第一要义，而已撤之区，必须以全力保其治安，方免丛生枝节。惟日人新胜甚骄，狡计孔多，又须审慎详筹，方能有济。”(21)
袁世凯奏调张勋率北洋巡防淮军10营开进东北，以接收地面。他在奏陈中说：“东三省日本军队已撤地方，照约应由中国酌派军队，以资治安。现奉天北路日军次第撤退，业经臣商明盛京将军赵尔巽，派正任四川建昌镇总兵张勋，督率所统淮军马队驰往，驻扎昌图府一带。”(22)
