1884年，袁世凯又亲自指挥中国军队平定了“甲申政变”，粉碎了日本扶持开化党颠覆政府脱离中国的企图。正因为如此，甲申事变后中、日两国谈判，日本代表提出要对袁世凯进行严惩。(11)
袁世凯在任职驻扎朝鲜总理交涉通商事宜大臣期间对朝鲜的积极经营，促使中朝贸易额激增，1885-1893年间竟增长了6倍多，而同一时期的日朝贸易额仅增长2倍。日本人惊呼，“我国商人与中国商人在朝鲜的竞争优势已失，朝鲜大量的商业利益从我国商人手中转向中国”。(12)
这对野心勃勃要侵占朝鲜的日本来说是决不甘心的，终于在1894年发动侵朝侵华的中日战争，打败中国，吞并朝鲜。而袁世凯由于对日本侵略的抵制和对中国权益的维护而被日本视为仇敌，日本政府“以执政亲中国，疑朝鲜拒日，皆中国驻朝总办袁世凯所为，殊怨袁”，(13)对袁世凯“憾之刺骨，百般排陷之”。(14)
然而，日本是不以占领朝鲜为满足的，下一步的目标就是侵占中国，而侵占中国首先要占领中国东北。早在1890年，日本内阁总理山县有朋就抛出《外交政略论》，提出主权线和利益线的新概念，“何谓主权线，即国家的疆土是也；何谓利益线，即与我国主权线安危相系的相关地区”；“我国利益线的焦点有三，即朝鲜、西伯利亚铁道和中央亚细亚是也”。(15)
侵略中国和朝鲜是日本明治维新以后对外扩张的既定目标，山县把朝鲜和中国作为日本利益线的焦点，只不过进一步确认日本政府的国策而已。沙俄利用八国联军侵华期间单独出兵中国东北，与日本向这一地区的扩张是相抵触的，日俄矛盾激化，最终导致日俄战争的爆发。
日俄战争期间，清政府保持中立，而实际上无论是政府官员还是一般百姓，鉴于沙俄对东北的侵占和不按期撤兵，是倾向日本一边的。
