关于第二次战役失败的原因，有说是“神风作祟”（太平洋飓风让元朝舰队损失惨重）；也有说是“将军不和”（两个将军都想按照自己的作战方式执行），但是假若元朝军队真的攻下了日本，世界历史将会怎么发展？
如果元朝攻下日本，那么首先最受到打击的应该是日本的镰仓幕府，元朝是不可能让一个它继续存在的，所以源赖朝所创建的镰仓幕府将直接受到冲击，而作为附庸国，有两种可能，一种是忽必烈派大臣去接管日本，还有一种则是扶植天皇，继续让天皇做傀儡皇帝。按照之前政府高丽的做法，第二种的可能性比较大，但会派亲信进行辅佐（监视）。
对于日本普通民众来说也好不了，那时候元朝分人的等级就会变成：第一等，蒙古人；第二等，色目人；第三等，汉人；第四等，南人；第五等，日本人。而且当时元朝财政是个大问题，征服日本就是因为听说了日本相当富有，所以，日本国内的金银等都会被蒙古人抢夺一空。到元朝灭亡，日本因为国力空虚很容易就被明朝接管。
本来历史到了十九世纪八十年代，会出现一件转变整个日本近代史的大事情，就是美国海军将领佩里的“黑船事件”，逼日本打开国门，之后日本国内的士族阶级等才意识到日本的贫弱，从而进行“倒幕运动”，尊王攘夷，为后来的明治维新提供可能。
