日本方面从附约中取得的新权益主要是：第八款，“中国政府允南满洲铁路所需各项材料，应豁免一切税捐厘金”；第十款，即森林砍伐权，“中国政府允许设一中日木植公司，在鸭绿江右岸地方采伐木植，至该地段广狭年限多寡暨公司如何设立并一切合办章程，应另订详细合同”。日本原十一条方案中的第五条、第七条，经过中方的努力，做了修正：
第五条是开埠通商问题，日俄军队撤离东北后，东北16处地方由“中国自行开埠通商”；第七条即非法修筑的铁路继续经营问题，体现在附约第六款中，“中国政府允将由安东县至奉天省城所筑造之行军铁路，仍由日本国政府接续经管，改为转运各国工商货物。自此路改良竣工之日起，以十五年为期，即至光绪四十九年止，届期彼此公请一他国公估人，按该路建制各物件估价售与中国。未售以前，准由中国政府运送兵丁饷械，可按东省铁路章程办理”。(28)
对中国代表提出的要求，日本方面也不得不部分接受。如附约第三款，恢复行使中国主权问题，“日本军队撤毕，则中国政府可得在各该地方酌派军队以维护地方治安。日本军队未撤退地方，倘有土匪扰害闾阎，中国地方官亦得以派相当兵队前往剿捕，但不得进距日本驻兵界限二十华里以内”；第四款，退还占有中国公私产业问题，“日本国政府允因军务上所必需，曾经在满洲地方占领或占用之中国公私各产业，在撤兵时悉还中国官民接受其属，无需备用者，即在撤兵以前亦可交还”；对于中国要求日本撤退护路兵的要求，日本百般狡辩，提出前提条件，附约第二款“如俄国允将护路兵撤退，或中俄两国另有商订妥善办法，日本政府允即一律照办……”(29)
实际上是不撤退其护路兵，这就为其将一部分军队留在东北找到了合法的依据。总之，中日关于东三省的谈判斗争是相当激烈的，以袁世凯为首的中国代表为恢复行使我国在东北的主权，抵制日本的进一步掠夺做出了一定努力。但在当时的历史条件下，在日本以战胜国和“示恩”于中国的姿态与中国谈判的前提下，虽然中国代表竭尽全力，但仅通过外交谈判不可能完全制止日本对中国进一步掠夺。
