第三项，在日本军队尚未撤完之时，中国方面得以酌派军队驻扎，以弹压地方，防剿土匪。
第四项，所有奉省所属铁路之矿产，无论已开未开，均应妥定公允详细章程，以便彼此遵守。
第五项，“所有奉省已开办商埠暨难允开埠尚未开办各地方，其划定租界各办法，应有中国官员另行妥商厘定”。
第六项，恢复中国营口主权，“营口向驻之中国官应立即饬令赴任视事，所有事权一如未经占据以前完全无缺”。第七项，交收奉天税捐，“日本国军官前代收奉天税捐等项，应即交还该地方官，以备地方善后之需”。(27)
由此可见，中国代表并非被动地接受日本方面提出的条件，而是极力维护中国主权和阻止日本对中国的进一步掠夺，并向日本提出我国的正当要求。
谈判从1906年11月7日起，到12月22日签约，共持续了一个半月，会议进行了22次，签订了《中日会议东三省事宜》正约三款和附约十二款。正约三款实际上是中国政府承认日俄《朴斯茅茨条约》中关于沙俄转让给日本在“南满”的利益，这是中日谈判的主旨。附约十二款实际上是中日双方互相妥协的产物。在中国代表的斗争、妥协下，日本新的侵略要求得以部分实现。对照日方第一次会议提出的十一条要求，除第三款、第六款、第十一款为中国政府接受外，其余的或删去，或做了修正。
