对中国主权干涉的如第2条，“妥实保护外国侨寓商民之命产为宗旨，应将东三省向来所施治政即行从事改善”；第4条，“中国政府无论如何措辞，非经日本国应允，不得将东三省地土让给别国或允其占领”；第5条，要求中国在东三省16处开埠通商。掠夺中国新权益的有：第3条，中国政府在东三省各地方保护在日俄战争中阵亡的日军将士的坟茔以及立有忠魂碑之地；第7条，铁路经营权，中国政府应允战争期间日本非法修筑的由安东至奉天省城、奉天省城至新民屯的铁路仍由日本政府继续经营；第8条，森林砍伐权，中国政府将与朝鲜交界的中国鸭绿江沿岸的森林砍伐权让与日本；第9条，内河航行权，中国政府允许各国船只在辽河、鸭绿江、松花江以及各该支流任便驶行；第10条，渔业权问题，中国政府允将奉天省沿海渔业权让日本臣民。(25)
对日本干涉中国主权及对中国权益的掠夺，中国代表除第3条、第6条、第11条外或极力驳斥要求删去，或给予种种限制。如第2条，中国代表认为有日本干涉内政之意，应删去；第4条有碍中国主权应删去；第5条东北开埠通商问题，中国代表修改为由中国自行宣布为自开商埠，中国自定开埠章程；第8条，关于森林采伐权，中国代表进行限制，修正为：中国政府允许设一合办木植公司，应行划定采伐地界至地段广狭年限多寡；第9条，内河航行权问题，中国代表修正为“在指定开设商埠地方均可照内港行船章程办理”；第10条，渔业权问题，中国代表认为该地方人民以渔业为生，如让与日本则使他们无以生计，因此应该删去。(26)
除此之外，中国代表还向日本方面提出了七项要求，即：
第一项，要求日本军队从速撤离，“应请日本国政府将现驻扎军队从速撤退，自日俄定约之日起，除旅大租界外于十二个月内一律全撤”。至于保护铁路之兵队，“由中国政府特选精锐分段驻扎巡护”。
第二项，退还或赔偿侵占中国的公私财产，“中国政府为尊重主权起见，应请日本国政府将因变乱或军事，所有日本官民强占擅管中国各项公私权利产业地方，均即退出交还。若系有意损坏强取擅用公私财产，应有两国委员会会同查明，分别补还，以昭公允”。
