据中日双方的记载，数字有出入，但最保守的估计是一千八百日本人(日方有说3000余人的，也有一万多人的，当时通化周边共有日本投降军人和平民五万人)被击毙，死者统统赤条条的被扔进河里“水葬”。通化中国人在日本人十四年的统治下，生活在高压恐惧的赤贫中，对日本人深恶痛绝。尤其是日本人在投降后仍然觉得高中国人一等，宁愿将储备的战略生活物资包括棉被军服食粮焚烧了也不给市民一粒粮食一件衣服。一些胆大的市民试图在火中抢回些粮食也被日本降兵打伤打残，导致暴乱后通化市民怀着强烈的复仇心理对日本人无论是战斗人员还是平民纵情泄愤--因为身后有中国武装力量支撑着。日军尸体的衣服都让市民扒走了，连金牙齿也被砸下。
更让中国军队不可饶恕的是关东军卫生部队的残忍。原本为了利用日本的战地医院，在关东军卫生部队投降并表明愿意为中国军队和市民提供人道救援后，八路军将这支130人的卫生部队成建制地保留了下来。不料后来这支部队在暴动中成为骨干并残忍地用手术刀等医疗器械将中国军队的伤员统统挑死。作为报复，八路军将这所野战医院制服后，同样用手术刀将医院部队长柴田久中尉挑死。
中国参战人员和日本人生还者描述，中国人杀红了眼。凡是口令答不上来了的，上去就是一枪；凡是躲在洞里或隐藏处的，二话不说手榴弹就进去问侯了；凡是躲地窖里的统统堵死出口和通风口一律活埋。
直到第二天八路军通化司令部才下达命令：只抓不杀。此时，已经到处都是日本人的尸体。于是就有了日本人的著作：“共产军虐杀日本人事件--通化事件”。
