政学系与CC系大斗法
在蒋介石执政时期，新政学系是国民党内一个很重要的派系，其重要人物除杨永泰外有：黄郛、张群、吴鼎昌、熊式辉、吴铁城、王世杰、翁文灏，甚至何应钦也一度被人目为准政学系。与国民党的CC系、黄埔系等不同，这些人并没有一定的组织，也没有政纲，只是松散的联盟。他们对蒋介石忠心耿耿，且大多学有所长，精于政务，才华出众，足智多谋，深为蒋介石器重。
作为蒋介石最宠信的幕僚，杨永泰有着很大的权力。所有国民党重要军政文电，都须经 杨永泰先行过目，然后才能呈蒋；许多军政要人来见蒋介石，也须经 杨永泰安排。可以说杨永泰已经成为蒋介石的首席军机大臣了。
同时，由于蒋介石长期驻南昌主持“剿共”，遥控南京政务，由杨永泰提议设立并主持的南昌行营秘书处成了实际上的行政院。所以这一阶段，杨永泰是权倾朝野，高朋满座，宾客盈门。蒋对杨永泰信任有加，这一时期是政学系急剧膨胀阶段。如在封疆大吏这一级别中的官员，政学系占了几乎三分之一。如江西省主席熊式辉、福建省主席陈仪、贵州省主席吴鼎昌、四川省主席张群、广东省主席吴铁城，等等。在行政院，有副院长兼外交部长张群、铁道交通部长张家璈、粮食部长徐堪、秘书长翁文灏等。那时对政学系曾有“省府主席十有九，行营主任五占三”之说，可见杨永泰能量之大。在杨永泰任蒋介石秘书长期间，政学系主政不仅是众人皆知的事，而且还抢夺了CC系的党务大权。这就激化了两者之间的矛盾。
1928年后，以陈果夫、陈立夫兄弟为首的CC系就掌控了国民党的党权，有“蒋家天下陈家党”之说。在第五次“围剿”中，杨永泰建议蒋介石集中党、政、军力量于“剿匪总部”，以便于指挥，蒋接受了。当时就把国民党主要活动的河南、安徽、湖北、江西四省的国民党组织变更，省市党部设主任委员，由当地军政大员兼任。主任之下设书记长，书记长不用说了，基本都是主任委员的心腹。
