1918年被推举为汀州红十字会主任医师，翌年受聘为教会医院医生、亚盛顿医馆教员、英国人所办福音医院的主任医师，兼任省立七中及汀州女子师范学校校医。傅连璋有个侄女叫傅维玉，在一所中学里任英语教师，她常常将一些诸如《新青年》、《共产主义人生观》、《赤都心史》一类的杂志和书籍带回家中，除自己阅读外，还让傅连璋阅读。
1925年，“五卅”反帝运动爆发，福建的英国人全被吓跑，福音医院的院长赖查理，惊恐万状，在一个漆黑的夜晚，悄悄出逃，离开汀州，避往厦门。傅连璋被推举为福音医院院长，从此名望大增，并以纯粹人道主义的精神同当地国民党首领郭凤鸣和共产党的干部邓子恢等要人均有住来。
在此前后，他开始接触进步思想，从同情革命转为要求直接参加革命。1927年9月，南昌起义部队与国民党军在瑞金、会昌等地激战，傅连璋在汀州救治了300多名起义军伤员，奇迹般地保存了陈赓将军的伤腿，治好了徐特立的伤，成为最早为红军服务的“红色医生”。
1929年3月，朱德、毛泽东率领红4军占领汀州后，他在领导医院全力救治红军官兵伤病的同时，还为红军部队培训了一批医护人才。尔后，又利用福音医院院长的合法身份为红军提供许多情报和药品、医疗器械，并在经常为红军领导人毛泽东、朱德等诊治疾病过程中与之结下了深厚的革命友谊。
1931年福音医院成为中央苏区的红军医院。1932年1月，他创办“中国工农红军中央看护学校”培训60多名红军医务人员。同年毛泽东曾在福音医院养病。1933年，他放弃每月400大洋的优厚待遇，连同自己的整个福音医院和他多年的积蓄搬往红色之都瑞金，全部捐献给党，并参加了中国工农红军。
