后据日本共同社披露，加计学园理事长加计孝太郎是安倍在美国留学时代的好友，两人一直保持亲密关系。安倍内阁中也有数位官员和该学园有着千丝万缕的联系。事实上，安倍承认在1993年当选议员后曾在加计学园“担任了几年监事之类的职务”，并每年获得14万日元的酬劳，但他多次否认自己利用职权给加计学园“开后门”。
但是，日本文部科学省在15日公布的调查报告中指出，加计学园的相关文件中出现了“首相的意见”、“来自官邸最高级别的声音”等内容。
6月16日，安倍内阁否认了文部科学省的调查报告，安倍本人则在接受国会质询时辩称自己并没有在这一事件中以首相的身份施加影响。
丑闻持续发酵。压力之下，安倍晋三终于向日本国民表示道歉：“我不知不觉中以强硬口吻反驳的姿态最终掀起了政策争论以外的话题，正在深刻反省。”
“从森友学园到加计学园，安倍受到了比较大的影响，民意支持率暴跌，因为这涉及到强势政府拿权力为一些目的服务的问题。森友学园没有波及安倍本人，已经逐渐平息。但此次加计学园的事件不同。文部科学省的调查让民众相信，安倍本人有嫌疑。而且安倍咄咄逼人的架势也让民众不满。目前，安倍就自己的态度对国民道歉，但是并没有承认自己牵涉事件其中，而且拒绝接受调查。可以预见，在野党和媒体都不会轻易放弃这件事情。”吕耀东说。
