该机安装了全新的电子战系统，甚至开发了专门的电子战型，其从外形上看，翼尖上安装的吊舱从前到后各有4个刃状天线，可以推测其具备宽频信号识别功能。
由于其先进航电系统的支持，其可以使用解放军几乎所有的机载武器，既可挂载各类空地导弹和精确制导炸弹来打击地面目标，也可以挂载鹰击83和鹰击62反舰导弹来攻击海上目标，还可以挂载霹雳12、霹雳10空空导弹与敌机进行空中较量。
全面的武器系统，令歼16不需要其他战斗机实施伴随护航。一旦投放对面打击精确制导弹药后，马上可以利用挂载的各型空空导弹投入到空战中。
不过，做为偏向攻击的型号，它的机动性被牺牲掉了，不适合格斗了，但是它的雷达系统不错，又是双座机，充当预警机的补充力量不利，可以在空中临时担任迷你预警机的角色，负责指挥机群作战。
