什叶派不承认它们的统治，力争将阿里的两个儿子哈桑和侯赛因推为哈里发，680年，倭玛亚王朝兵发卡尔巴拉(今伊拉克境内什叶派圣城)杀掉了侯赛因。
然而逊尼派并没有罢手，他们担心侯赛因后裔可能还会领导起义，令什叶派卷土重来，不如赶尽杀绝，一劳永逸。
什叶派虽然被追杀，但一直保存着实力与之周旋，680年卡尔巴拉之战后，什叶派宣布逊尼派为篡位者，只承认来自阿里后裔的伊玛目(imam做礼拜的长老)为穆斯林的宗教和政治领袖。
逊尼派虽然取得了压倒性胜利，但那些被统治的基督徒，犹太教徒，吐火教徒等不愿做阿拉伯人的二等公民，宁可加入什叶派来反抗逊尼派。
这些人的加入，令什叶派在宗教仪轨上与逊尼派区分开来。血海深仇加上教义和权力之争，使两派走上了不共戴天之路，
逊尼派政教合一政权长达九个世纪。
1501年，波斯建立了萨伏依王朝，奉什叶派为国教，在随后的两百多年时间内，一直坚持不懈地与逊尼派的奥斯曼帝国作战。
人越死越多，仇越结越深，今天的伊朗和土耳其边境线，大致上就是这一系列大大小小战争所确定下来的。
