1992年11月，调任海军副司令员，分管装备建设工作。他坚决贯彻江主席关于军队现代化建设和海军建设发展的一系列重要指示和论述，按照军委、总部的部署，从迎接世界军事技术革命挑战、从海军现代化建设的战略高度，着眼祖国统一大业需要，深谋海军装备建设的全局，缜密思考海军装备发展规律，以全面提高海军综合作战能力为目标，以作战需求为牵引，在认真落实海军装备建设“八五”计划的基础上，组织制定“九五”、“十五”发展计划和2010年发展规划，勾画了海军装备跨越式发展的蓝图。
每次重大试验任务他都亲临一线组织指挥，确保了装备质量，缩短了新装备形成战斗力的周期。1997年我舰艇编队出访美洲四国五港期间，他遵照军委指示赴美，具体筹划和组织了编队访美期间的各项活动，严密计划，精心安排，确保了我舰艇编队首次访美成功，扩大了我人民海军的影响，有力地配合了国家的政治外交斗争。
他到海军工作后，一直兼任海军体育运动委员会主任。他像父亲一样热爱体育，关心体育。一批具有海军特色的体育运动项目，在国际国内大赛中取得了优异成绩。
他曾当选为第七届全国人民代表大会代表、党的第十五大代表。1988年9月被授予少将军衔，1994年晋升为中将军衔。
他热爱家乡，对家乡人民怀有深厚的感情。1994年12月，他回家乡参加了贺龙纪念馆奠基仪式。1998年，家乡遭受“7.22”特大洪灾，他非常关心家乡的灾情，积极组织、援助，共捐赠价值300多万元的救灾物资，派专机送往张家界，由海军机关工作人员和他的家人把物资一一发到灾民手中。
2001年3月28日，贺鹏飞突发心脏病离开人世，年仅55岁。他英年早逝，对党和军队的建设，对家乡人民都是重大损失。江泽民、胡锦涛、李铁映、迟浩田等党和国家领导人对他的英年早逝表示深切哀悼。
四女贺晓明
1947年冬天，解放战争正进行得如火如荼，已是陕甘宁晋绥联防军区司令员的贺龙，带着薛明住在晋绥军区司令部。由于战事紧张，贺龙几乎每天都忙得通宵达旦，深爱丈夫的薛明从不去打扰。
一天凌晨，刚刚五点钟的光景，薛明的肚子剧烈疼痛起来，她意识到，一个小生命即将诞生了。为了不影响贺龙工作，薛明悄悄叫来接生员，她硬是紧咬着嘴唇，一声没出，安静异常地生下了孩子。隔壁屋中的贺龙，丝毫没有察觉。等到熬了一个通宵的他推门进来，才发现妻子身边多了个娃。
