“文革”中贺鹏飞作为贺龙之子受到很大冲击。1967年1月，贺鹏飞便与父母是去了联系。在最艰难的时候，贺鹏飞虽身遭“中央文革”通缉，仍责无旁贷的担起哥哥的责任。他和大妹妹晓明将小妹黎明藏到廖承志家，两人连夜逃出北京，改名换姓，在一条往返津沪的货船上当苦工。当时贺鹏飞大学尚未毕业，周恩来经过多方打听，查找到他们兄妹的下落并采取保护措施，兄妹俩才回到学校继续学习。
贺龙和儿子贺鹏飞
1967年10月，贺鹏飞患了严重的黄疸型肝炎，无法医治，是陈毅仗义执言，才将他送进了301医院。大病未愈，“中央文革”以所谓“企图外逃”的罪名，将鹏飞、黎明兄妹及其他一些干部子弟送进少年犯管教所关押审讯了半年多。出来后，黎明被下放到陕北志丹县插队落户，贺鹏飞则进了甘肃武威汽车修理厂当了工人。
1971年贺鹏飞兄妹的处境并没有多大改变，他们流落街头，幸亏贺龙抚养大的侄孙贺兴洲和红二方面军的老通讯员张明才的搭救，才在张明才家安顿下来。他们通过张明才写信给周恩来，在周总理的精心安排下，贺鹏飞兄妹终于在北京二里沟新疆办事处见到了分别多年的母亲，生者团聚，元帅却已饮恨长逝，母子抱头痛哭。
1974年，毛泽东主席亲自作出为贺龙元帅平反的指示后，他在周恩来等老一辈无产阶级革命家的关怀下，贺鹏飞因为学的是机械专业，安排到中国机械进出口公司北京分公司工作，后来担任了副科长。他认真学习外贸业务，跟踪了解国际机械制造水平和发展动态，在机械出口工作中，严格把关，坚决维护国家利益，出色地履行了岗位职责。工作期间，认识了北京市公安局副局长的女儿冯璐，冯璐又在该公司任资料员，他们交往、恋爱，不久便结婚。后来有两个女儿，一个叫加加，一个叫贝贝，合起来就是个贺字。
1977年10月，贺鹏飞参军，到部队工作，先后任总参装备部综合计划处参谋、副处长。他努力挽回被“文革”耽误的宝贵时间，如饥似渴地学习政治军事理论，刻苦钻研业务知识，不断充实提高自己，以强烈的紧迫感和责任感做好工作。1980年先后到清华大学及国防科技大学研修军事工程有到战术。1984年初任总参装备部副部长，同年7月兼任总参装备部所属“保利科技有限公司”总经理，1985年7月任部长。1988年，军委主席对邓小平签署命令，授予贺鹏飞少将军衔，当时年仅44岁的贺鹏飞是共和国1000多位少将中最年轻的一位。
贺鹏飞认真贯彻军委、总部首长的决策指示，着眼全局，突出重点，积极开展新武器装备技术的引进和技术合作，为我军装备建设水平的提高开拓了新的领域。为适应国际环境的变化，提出了改进和加强军援军贸工作的建议和措施，使这项工作取得突破性进展。
