李莲英究竟为何人所杀，概括起来有三种说法。一是为革命党人所杀。盖因他在慈禧太后和光绪皇帝的争斗之中，支持太后，而打击帝党。但是，也有学者反对，认为李莲英并没有参与朝廷内的党派之争，他也不可能得罪革命党人。关键之点，他临死之时，早已出宫三年，对于政事没有影响，杀他没任何意义。
二是为江朝宗和小德张所杀。此说法，主要是颜仪民先生的观点。他甚至在文章中，引用了江朝宗儿子提供的“细节”，说时任九门提督的江朝宗请李莲英吃饭，然后派人杀其于北京后海。
支持该观点的人认为，江朝宗是袁世凯的亲信，小德张则是李莲英的后任。两个人出于不同的目的杀了李莲英。李莲英曾得罪袁世凯，这是事实，因此袁世凯有可能授意亲信下手;而小德张则为了争夺其遗产之事，而萌生杀人动机。但立即有人反对此说。
有学者考据说，江朝宗宣统二年正在陕西汉中镇总兵任上，直到1912年才回北京担任北洋政府北京卫戍司令。江朝宗远在几千里之外，并不在所谓的“九门提督”任上，怎么可能请李莲英吃饭并设局杀之呢？同时，也有人认为，小德张同李莲英，并没有共过事，两人没有利害冲突，杀人动机不存在。
三是在去山东讨债途中被悍匪所杀。这一观点，也被无数专家质疑。以李莲英的财富地位，他怎么可能亲自出门讨要债务呢？但是，支持这一观点的人说，李莲英曾有一个侄孙女，嫁到了山东省无棣县。
