第二次是越级指挥问题。“林彪好作指示，常打乱别人指挥程序。他身为一个野战军的司令员，指挥我父亲的四兵团要直接指挥到师。父亲很反对，没有给他该师的密码和联络文件，让他指挥不了。野战军指挥到军是正常的，指挥到师还要我父亲干吗？这个越级指挥，或说超越指挥的问题是军事学术上一个持续了多年的争论。”
第三次争论是两广战役。10月1日，中华人民共和国宣告成立时，广东战役开始。10月2日，陈赓挥师南下，接连突破乐昌、仁化、曲江、英德、花县、增城，广州守敌纷纷逃跑。10月14日晚，李宗仁逃走。15日，广州解放。
陈赓与夫人和孩子
同时，衡宝战役正在激烈地进行着，林彪鉴于中路大军已抓住桂系主力的4个师，认为白崇禧必然要率部北返援救，这将是聚歼白崇禧部于湘桂边境的大好时机。于是林彪想改变广东战役计划，调陈赓兵团进入广西，参加围歼白崇禧集团的作战。
11日，他以四野前委的名义致电军委：欲歼白崇禧，我方兵力须绝对优势。所以，为了广东之敌退不回广西，我应暂不继续进攻广东，而以广东的大城市与重要地区作为吸引广东之敌的工具；同时能使我集中更优势的兵力与广西之敌作战，首先达到歼灭广西之敌，然后在军政配合下，以四野部队解决广东之敌。
但事实上，这是林彪错误的估计。白崇禧的确曾一度想率主力回援被围的4个师，但很快就放弃了这种打算，使得林彪要歼白崇禧主力于湘桂边区的计划落入空谷。
