此外，他的另一项目获2000年度国防科工委科技进步二等奖（第一完成人）。2001年11月侯建文当选第七届上海市十大科技精英（新世纪首批十大科技精英）。
至于国防科工委二等奖，有消息指他参与解放军红旗16系列导弹的设计，前段时间央视10套报道他过。红旗16是中国自己研制的中低空防空导弹，有舰发和陆基两类型。最近中央电视台画面中显示，解放军陆军防空部队已经装备了红旗-16导弹的新改进型。该型导弹可能代号为红旗-16B，其射程从原红旗-16A的40公里提高到了70公里。
侯建文还是是中国2020火星探测器轨道器和嫦娥五号轨道器负责人。
目前为止，中国国家安全部门和俄罗斯情报部门都没有对有关传闻做出回应。
有熟悉国际情报活动的人士指，根据国际惯例，一旦发生间谍事件，当事国通常会尽量低调处理，除非两国交恶，要用事件让对方难堪。而中国和俄罗斯关系友好，自九十年代初两国关系正常化后，两国还没有公开发生过间谍曝光事件。
外国间谍潜伏最多的的中国城市
第一名：乌鲁木齐，各类各级为外国情报机构服务的反对分子和间谍大约18000名左右。
辐射中亚的中国西北重镇的乌鲁木齐是潜伏间谍最多的中国城市，也是中国境内治安最复杂的城市，更是美国、俄罗斯、土耳其、沙特、中国等多方暗战中亚的桥头堡。
