李登辉控制国民党军政大权后，暗中联络并指使素与蒋家为敌的陈水扁及民进党，在高雄和台北等地大搞清除蒋家影响的活动。虽然出面拆除蒋介石铜像和摘掉蒋经国画像的人是陈水扁（时任台北市长），可暗地操羽毛扇的人是李登辉。而李登辉对蒋经国身后的重要背叛，莫过于他与“台独分子”的勾结。蒋氏父子在世时对主张“台湾独立”的一伙反动势力始终严厉打击和镇压，李登辉上台不久，就把流亡美国的台湾最大“台独”头目彭明敏礼迎回台，并且单独会见。
彭明敏也为李登辉的上台和施政积极出谋划策。两人称兄道弟，一时引起台湾政坛侧目。正如美国一家有影响的杂志在题为《李登辉如何继承蒋经国遗志》的文章中所说：“李登辉从前文雅谦和的学者面目，在他执政后逐渐为强悍和霸道所替代了。他对蒋经国反台独路线的背叛，将让台海两岸的政治局势变得更加波谲云诡。”
在李登辉执政晚期，因其“台独”思想作祟，甚至公然背叛国民党的切身利益，暗中联合与支持陈水扁及民进党的极右分子，致使“台独”分裂势力逐渐坐大直至击败国民党夺取政权。1995年，面对蒋氏家族瓜果凋零的凄楚结局，蒋孝勇的遗孀方智怡女士曾向海外传媒透露一个不为外界所知的信息，即蒋经国在病逝之前，曾对身边家人哀叹说：“我看错了人！”
蒋经国在台湾执政13年的功过是非，世人评说，各有千秋，但晚年提拔李登辉作为国民党的继任人，无疑是他运筹国民党前途的一次重大决策性失误。
