侵华战争后期任“支那派遣军”总司令的冈村宁次大将在回忆录中称，1938年7月奉调赴华中任第11军司令官前，“在东京就对南京攻略战时的大暴行有所耳闻”。他在上海登岸后了解到，“攻略南京时，对数万市民的抢劫强奸等的大暴行确属事实”(注：这大大缩小了数字且并未提“屠杀”一词)。不过，冈村宁次也只把“暴行”发生归咎于“军纪”，并说“第一线部队以给养困难为名杀掉俘虏实有弊病”。
上世纪70年代日本防卫厅组织旧军人编写的《支那事变陆军作战史》中有关攻占南京的一章中，更是轻描淡写地称日军在长江边射杀过部分俘虏，表示是因管束不力造成。
屏蔽此推广内容南京大屠杀难道仅是日本下级官兵“军纪”不严所造成吗？从暴行的规模可看出，进攻南京的日军为“上海派遣军”和第10军的6个师团并附2个独立旅团，连同后勤和支援兵力共约15万人(进城约8万人)，这些部队差不多都参与了屠杀。他们又是在同一时间将南京城内和外围抓到的战俘都予以杀害，后来发现的十几处集体屠杀场遇难者就有19万人(其中有战俘有平民)，这明显说明，杀戮是按命令有组织进行的。
在南京参战的多名日本军官都回忆说，1937年12月12日即攻占南京前一天，他们接到上海派遣军司令官朝香宫鸠彦中将亲自签署的命令，上面标有“机密·阅后销毁”字样，核心内容便是“杀掉全部俘虏！”攻占南京时任日军第16师团师团长的中岛今朝吾，曾在当年12月13日的日记中写道：“由于方针是大体不要俘虏，故决定将其全部解决。”当时任旅团长的佐佐木到一少将战后病死于抚顺战犯管理所，他留下的南京大屠杀时的日记同样记录了接到“不保留俘虏的方针”。
