参加南京保卫战的军队起初有15个师，因缺额估计只有11万多人，不过城内还有宪兵和其他一些武装，开战后从镇江方向有2万多部队撤入城内，总计守军约有14万人，还稍多于攻城日军。守军多数又是德械部队，其轻武器装备还略强于日军，只是重武器和航空兵处于劣势。12月7日以后五天的防卫战中，守军下级官兵还能坚持作战，没有发生过成建制投降和逃跑，没想到，12日晚间突然发生的无秩序溃逃却使部队完全丧失了战斗力。
屏蔽此推广内容计算一下南京守军的损失分类，更让后人长叹不已。在5天战斗(其中守城战只有2天多)中，守军官兵死亡1万多人(不少本系伤员，因基本无法后送才大都死亡)，给日军造成了3800人的伤亡(其中死亡约800人)。在12月12日晚间溃逃时，多数部队却官兵脱节，人马自相践踏，最后突围和撤到江北的部队不过3万人，淹死在长江中近万人，约9万人遗留在江边或跑回城藏入居民区。这些人随后或向日军缴械就俘，或在隐藏处被搜出，都成了大屠杀的牺牲品。
12月13日之后，南京城内只剩下对日军暴行的零星反抗，几乎没有发生巷战和有组织的抵抗活动。据记载，战俘在日军开始扫射屠杀时有几次夺枪反抗和试图冲出，绝大多数人却是以木讷、茫然的态度面对着屠杀。这一可悲的事实证明，一支丧失了灵魂和意志的军队只能成为屠刀下的羔羊。至于南京城内的民众面对暴行，大都处于无助无奈之中，习惯于欺软怕硬、欺善怕恶的日本军人，在施暴轻易得逞后反而更增长了对中国人的轻蔑感。
