1950年4月13日印尼同我国建交后，由于在华侨和共产党问题上对我国存在疑虑，对华关系一直曲曲折折。60年代初，印尼因对抗马来西亚，同英、美矛盾加剧。印尼反帝调子逐步提高，进而发展到派遣武装人员进入马来半岛、新加坡和北加里曼丹等地。
美国为了支持马来西亚，迅即将其第七舰队开入印度洋游弋，对印尼进行军事恫吓，接着宣布停止对印尼的经济援助。苏加诺总统则宣称“第七舰队吓不倒印尼”，“让你们（美国）的援助见鬼去吧！”继而接管美资企业，封闭美国新闻处，驱赶美国和平队。
印尼同美国的关系顿时趋于紧张，后来公开宣布退出当时美国操纵的联合国。印尼的行动，牵涉到同马的两国关系，也涉及英、美在该地区的势力范围，未得广泛的国际同情。印尼便主要寄希望于中国的支持、援助。
印尼共对这一斗争非常重视，积极支持。马来西亚共产党和北加里曼丹进步力量也都支持和参加这场斗争。我国当时基于一贯支持亚非拉民族民主革命的立场，同意印尼共关于马来西亚问题的观点，支持印尼反美立场和对抗马来西亚的斗争，从而使中印尼关系日益密切。
双方积极扩大经济技术合作和贸易，并加强了军事方面的往来，我国允向印尼无偿提供组建民兵所需之武器（由于“九卅事件”未能执行）。中印尼在反对帝国主义和殖民主义斗争中互相支持，协调行动，在国际上一时被渲染为“北京一雅加达轴心”。
苏加诺在国内提出民族主义、宗教和共产主义三大思潮（即“纳沙贡”）合作的主张。对印尼共采取又联合又限制的方针，对右派势力则分化拉拢，力图平衡左右两派力量，加强自己的统治地位。
印尼共利用国内这一有利形势，加紧扩大影响，壮大力量，发动群众参加志愿人员的军事训练，积极参与对抗马来西亚斗争，并建议组建武装民兵作为第五军种编入 印尼武装部队，对付帝国主义的威胁。苏加诺不仅同意印尼共关于建立第五军种的建议，还进一步提出在军队中设立“纳沙贡顾问委员会”的主张。
苏加诺的联共、联华政策，使其同印尼共和中国的关系有了明显的发展，但与印尼极端反共的军人集团和右翼势力的矛盾日趋尖锐。1965年8月，苏加诺患病，印尼左、右势力都以为苏加诺不久于人世，积极做应变准备。
右派势力加紧了篡夺政权、消灭左派的策划，一场反共、反苏加诺的事变在印尼右派军人集团内部暗暗地酝酿着。以印尼共为代表的左派势力，不甘坐以待毙，遂先发制人，对“将领委员会”采取了盲动措施，制造了“九卅事件”。
在当时的国际共产主义运动的内部斗争中，印尼共坚定地支持我们党，我党对印尼共借助苏加诺发展进步势力也是赞同的。毫不讳言，当时我国支持亚洲一些国家的 共产党。毛主席曾坦然地对一位来访的邻国领导人说：“我们是共产党，哪有共产党不支持共产党的。”但我们遵循革命不能输出的原则，对别国共产党的支持，主 要是在政治上和道义上，对印尼共产党也不例外”
1990年8月8日，中印尼两国正式恢复外交关系。两国友好关系开始了新的一页。
