当时我国定的方针是：坚决支持印尼人民的革命斗争，集中打击和孤立右派，缩小中间派的欺骗作用并促其分化，对右派的攻击给予坚决回击。为适应印尼革命人民 有可能开展武装斗争的形势，还特意把休假后在返回使馆途中的政务参赞召回，改派游击队长出身的姚登山去印尼任临时代办。
那时，印尼总统苏加诺已被军人集团挟持，无力控制局势。他对华采取两面手法：一面表示要维持两国友好，怕我们对其公开揭露；一面迁就右派势力，要我们忍让妥协，甚至为反华势力的行径辩解。
1965年10月25日，苏加诺写信给毛泽东、刘少奇、周恩来和陈毅等领导人，对印尼反动势力企图离间两国之间的关系，对数起武装部队人员进入中华人民共和国驻印尼代表机构的事件表示“最大歉意”，因为这破坏了两国良好关系的基础。
信中坦承他的难处，企望中国不要连连抗议，容他有一定时间处理好对华关系。当时印尼政局复杂，苏加诺地位微妙，如何复信颇费周章。被周总理从钓鱼台第二次 亚非会议筹备班子抽回来的章文晋，领着第一亚洲司的几位“秀才”，苦战了3天3夜，先后几次把复信呈送周总理，都未通过。
最后，由乔冠华出马，亲自执笔，毛主席、刘主席、周总理和陈外长的联名复信才批下来，并于30日发出。应该说，在处理中、印尼两国关系问题上，中国一直留有余地，始终本着后发制人的方针，使斗争有理，有利，有节。
周总理前后两次指示经援被迫中止
“九卅事件”发生后，印尼政局动乱。当时我国援建的班加兰纺织厂正在加紧施工，大量建筑物资和纺织机械设备陆续运往印尼。鉴于这种情况，有关部门停止了发货，密切关注形势发展变化，视情况再定。
