接着，杨尚昆便对刘华清和洪学智说：“军委决定，调你们两个来，担任军委副秘书长。”对于这一重大人事变动，刘华清回忆说：“听到这个消息，我大为意外。”
11月21日，中共中央作出决定：“中央军委副主席杨尚昆兼任军委秘书长；洪学智、刘华清任军委副秘书长。”这一年，刘华清71岁。
第二次让刘华清意外的，还是对他的工作安排。1989年11月6日至9日，刘华清作为中顾委委员列席中共中央十三届五中全会。刘华清回忆说：“会议进入人事酝酿阶段时，涉及我的工作安排，让我很意外。”刘华清说，那天会上印发了邓小平9月4日上午与江泽民、李鹏、乔石、姚依林、宋平、李瑞环、杨尚昆、万里的谈话要点材料。
这份“要点”中谈到：邓小平主动提出，辞去中央军委主席职务；提名江泽民任军委主席，杨尚昆兼副主席，刘华清任副主席，杨白冰任秘书长。回忆时，刘华清描述了自己当时的反应：“我吃惊了：小平同志提名我当军委副主席！我感到自己能力难以胜任。
于是，给小平同志办公室打电话，请他们向邓主席报告：还是选别人好。但是邓办的同志告诉我：‘邓主席已经定了，不会改变。’我不再坚持了。”
第三次“意外”，是他在1992年10月的中共中央十四届一中全会上，被选为中共中央政治局常委。刘华清回忆说：“我被选进中央政治局常委，这是没有想到的事情。”在这次全会上，刘华清再次担任中共中央军委副主席。
据刘华清回忆，1992年10月6日，邓小平曾经给中央政治局写过一封信，谈到了对中央军委人事安排的意见：“今后主要由刘华清、张震两位同志在江泽民同志领导下主管军委的日常工作。
