军区司令员大换班后不久，毛泽东宣布他请来了一个军师——邓小平。他要让邓小平担任政治局委员和中央军委委员。用他本人的说法：“我想在政治局添一个秘书长，你不要这个头衔，那就当总参谋长吧。”邓小平一向重实权不重虚名，他客气地谢绝了那些头衔。
毛泽东心里清楚，任命邓小平可以让军队上层松一口气，这不仅是因为邓小平在军队中的资历，还因为他们确信邓小平不会进行打击报复。虽然邓小平为了向毛主席表忠心，严厉批评受林彪影响的几大军区司令员，但这些人都是经验丰富的老干部，很清楚邓小平这样做出于无奈。任命邓小平后，并没有明确叶帅和邓小平两人谁排名在前。但两人相互尊重，在与军区司令员开展工作时进行了卓有成效的合作。
在清除林彪对军队影响的同时，毛泽东还在社会上开展了一场批判林彪余党的政治运动。有人发现林彪在读过的书的页边上写有尊孔的话，于是这场批判林彪和另一个被指责有中庸倾向的人——周恩来——的运动，便被称为“批林批孔”运动。运动以1974年的元旦社论作为起点，一直持续了半年。它最初的目标是军队中与林彪关系密切的李德生等人，但是到了1月底，江青开始利用这场运动批判周恩来。除了批林批孔以外，他们还把矛头对准“周公”。周恩来虽然受到伤害，但他度过了风暴。他继续担任总理，甚至主持批判自己的会议，尽管不再让他主持敏感的中美谈判。
当这场运动在1974年8月临近尾声时，毛泽东又变成了胸怀大度的人。他指责“两位小姐”在批周时就像小兵冒充大帅，还批评江青在“批林批孔”运动中做得太过火。他甚至对江青说，不要再整人了，她不代表他的观点。毛还说，她宣称周的问题十分严重、应当叫作党内第十一次路线斗争，这一点是错误的；她说周恩来迫不及待想篡权，这一点也是错误的。
