2004年出版的《刘华清回忆录》中他说：“回想主持军委日常工作的这几年，我花精力最多、下工夫最大的还是干部工作、军事斗争准备和发展装备三个方面。”
干部工作
“从严治军，从高级领导机关严起，从高级干部严起”
“古稀之年又换上了绿军装。”
1987年11月，由邓小平“点将”，时年71岁的刘华清离开工作了7年的海军司令员岗位，被任命为中央军委副秘书长。
据《党史博览》记载，在一次小型会议上，邓小平指着刘华清对时任军委常务副主席杨尚昆、时任总后勤部部长洪学智等人说：“调他来，就是抓现代化，抓装备。”
谈到恢复军衔制，重新评授军衔时，邓小平曾说：“这是个得罪人的事情。我来得罪吧，不把这个矛盾交给新的军委主席。”“我们不解决这个问题，是交不了账的。”
1988年4月至5月，刘华清做了大量调查研究工作，收纳了很多意见。他曾撰文回忆：“机关编制，虽经几次简编，但越减机关人越多”；“不少干部现在不是想评什么军衔，也不是想提级多拿点钱，而是在想第二次就业时的后路”。
几经论证，《关于加快和深化军队改革的工作纲要》在1988年6月发布，其中，对党委领导制度、教育训练、干部工作和人事制度、思想政治工作做出了改革。
1990年，在“八五”计划调研期间，刘华清把军队改革和建设的指导原则概括为“六个必须”：必须继续贯彻稳定部队的方针；必须重视军队的质量建设；必须下决心收缩摊子；必须突出建设重点；必须加强集中统一；必须坚持勤俭建军的方针。
刘华清晚年曾回忆“减人收摊子”遇到的困难：“一旦具体到撤销哪个单位，麻烦就来了，公说公有理，婆说婆有理，很难协调统一。”“现在不动，今后10年，肯定还得调整，而且难度会更大。”
之后，《中央军委关于“八五”期间军队建设计划纲要（草案）》公布。刘华清在多个场合向高级干部宣传：“调整改革必然会引起思想波动，涉及一些单位的利益变动，触及一些同志的个人利益”，“从严治军，从高级领导机关严起，从高级干部严起”。
1992年，刘华清当选中共中央政治局委员、常委，作为军委副主席，协助军委主席主持中央军委日常工作。
邓小平在一次谈话中曾说：“主席要有助手，就是副主席、秘书长。我比较倾向这次加一个副主席，搞一个新秘书长，作为军委主席的主要助手。”
