但是这次所运的90万两黄金，与之前1月10日运走的10万两一样，都没有直接运抵台湾，而是运到了厦门鼓浪屿上的中国银行地下金库（现鼓浪屿晃岩路30号）。1949年7月，存在厦门的黄金继续运往台湾。7月14日，吴嵩庆在日记中写道：“今日得电，厦门存金均可照计划运送，此事办毕，可省却一心事。”
然而奇怪的是，鼓浪屿的这两批黄金居然完全没有列入台湾央行黄金收支账目，台湾“国防部”档案中也缺少1949年军费预算和支出资料方面的记载，而那份“黄金草约”其后也无影无踪了。1949年1月27日，央行交付1317箱档案送上了自上海开往台湾基隆港的“太平”轮，途中沉没于舟山外海，五名央行工作人员及上千箱央行档案都随船沉没，黄金草约很可能已随这批档案沉入海底。
“黄金到底用到哪些部队，父亲肯定很清楚，他不能留下记录。”吴兴镛在研读过其父遗稿后推断。失踪档案中，有一部分应是被故意销毁，另一部分可能压根儿就没有记录。对于档案是否随“太平”轮沉入海底的说法，吴兴镛在查阅央行往来文书后认为，随“太平”轮沉海的应该不是最重要的央行账册，因此更完整的档案很可能在广州、重庆、成都或台北的央行档案内。当然，也不排除战乱中遗失或被故意销毁的可能。
国库被搬空
蒋介石下野后，俞鸿钧也随之去职，由刘攻芸接任“央行”总裁。刘攻芸认为“以蒋介石下野之身，委实不宜继续下令搬移国库存金”，因此，刘攻芸对蒋氏父子一再催办的黄金密运事宜置之不理、一再拖延。1月28日，以央行常务理事身份在上海继续筹划黄金密运的俞鸿钧，密电蒋介石“请经国兄催办”。1月30日，空军总司令周至柔、海军总司令桂永清与联勤总部总司令郭忏三人一同赴沪，与吴嵩庆一道拜会刘攻芸。在这次会谈中，刘终于同意交出国库剩余黄金银圆。
