针对中国公务船频繁进入尖阁诸岛（中国称钓鱼岛）附近日本领海一事，安倍要求中方保持克制，但双方就加快磋商，以尽快启动有关避免东海偶发性冲突的日中防务部门间海空联络机制达成了一致。在南海问题上，安倍呼吁“法治”的重要性。习近平反驳称“日本应注意言行”。
共同社9月6日称日方越来越多意见认为，只要中方首脑不施“威令”，局势方向就很难转变。安倍晋三坚持要与习近平举行会谈，或许是因为他认为有关中国公务船在尖阁诸岛附近航行的问题，若不进行首脑间直接谈判，就无法推动紧张局势的缓解。8月中，多艘中国公务船连日驶入尖阁诸岛附近的日本领海及毗连区，日方虽多次提出抗议，但中方船只依然重复这一行为。
《每日新闻》认为，中日首脑时隔1年5个月的会谈没有取得良好结果，东海和南海问题上原则性的分歧，致使两国政府无法在任何角度达成妥协，而会谈被安排在G20闭幕后，以及会议时间被拖延等现象，可以透露出中国对于改善对日关系并不积极的心态。而中国官方媒体对日本动辄批判和教训的言论，只能加剧关系恶化。
日本官房长官菅义伟5日在记者会上指出“期待推进战略互惠关系”，同时围绕南海的中国动向批评称“加剧紧张的行为应严加谨慎”。若无法保护南海的航行自由，似乎意味着日本直接面临的东海也有可能置于中国的影响之下。日本新闻网引述参与考虑对华战略的日本政府相关人士的话指出：“如今的日中关系是，能避免冲突的话就算及格了。”
