1939年二战爆发后，胡佛严防其他竞争机构介入他的情报领域，因此经常与海军情报局和陆军情报局发生纠纷。为加强国内管控，美国总统罗斯福于1940年6月赋予胡佛国内调查的管辖权，从此胡佛的地位便不可动摇，但对外情报工作却给他带来挑战。1941年初，13个不同的机构源源不断地将国外情报送进白宫，罗斯福面临一个建立情报秩序的紧迫问题。同年夏天，罗斯福派一战英雄多诺万出国考察，后者随后建议成立一个新的机构，全面负责海外情报活动并监督对外宣传。
稍后，珍珠港事件爆发，尽管后世对美国是否事先知道日本的偷袭计划有所争论，但在当时，这场灾难性事件被认为是FBI的重大情报失误，美国媒体甚至写道，“国内的超级侦探、联邦调查局局长埃德加·胡佛成为众矢之的”。胡佛则称“夏威夷事务的管辖权主要属于海军”。在这种情况下，美国决策者们决定“集中化”情报组织。1942年6月，战略情报局成立，多诺万任局长。这是美国第一个统一的中央情报机构。
大战期间，多诺万与胡佛的矛盾甚多。1942年10月，当多诺万手下的特工潜入西班牙驻墨西哥使馆偷拍一本海事密码簿时，FBI的人也赶到。警报嘶鸣，红灯忽闪，战略情报局的人只好逃走。多诺万对此大为恼火。1943年，多诺万提出战略情报局与苏联内务人民委员会建立联系的计划，胡佛听到风声后，立即致信白宫，警告这样做会“对本国内部安全构成严重威胁”。最后该事件不了了之。1944年11月，多诺万向罗斯福提议将战略情报局改组为一个新的对外情报局，即现在的中情局，直接对总统负责。由于该消息被泄露，建议没有实施。多诺万确信是胡佛从中作梗，历史学家们也同意他的看法。
