偏偏祸不单行，在被判处死刑之际，他又在狱中染上了疟疾，几乎奄奄一息。张灵甫赔了夫人又折了前程，在多重打击之下，他心灰意冷起来，反正枪毙也是死，病重也是在等死，他绝望地破罐子破摔，连申诉也放弃了，但求一死了之。
在张灵甫刚收押的时候，模范监狱的典狱长就和他的关系不错，有时两人天南地北的还聊得颇为投缘。典狱长当然知道一些张灵甫的案情，当张灵甫被初定极刑之后，他对张的处境表示惋惜和同情，并竭力为张灵甫打气道：“这件案子的情况应该还有斡旋的余地，蝼蚁尚且惜命，你就此放弃未免可惜。”典狱长还悉心安排狱医为张灵甫治病。
也许是命不该绝，张灵甫凭着年轻力壮的原始本钱，不久之后居然起死回生，战胜了病魔，于是他又重新燃起了求生的欲望，听从典狱长的劝说，向军事法庭递交了申诉书。2003年12月笔者与王玉龄女士的访谈，张灵甫曾向王玉龄讲述过自己的狱中经历。现在自然无法知道他找了什么借口为自己辩解，但是法庭显然接受了他的申辩，因为对他的原判并没有被执行。
在等待案件复审期间，张灵甫闲来无事，在狱内也就是看看书练练字，而且在这段时间里润笔颇多，有人要是喜欢，他就随手送人，坊间甚至有传言，说当年南京夫子庙一带有不少店铺的招牌，就出自他的手笔。塞翁失马，焉知非福，张灵甫在狱中反倒有得是时间面壁思过，修身养性，一场牢狱之灾，使得他以往心浮气躁的性子得以修练得沉稳了许多，以后很少再乱发脾气。友人来信慰问，张灵甫回函自嘲曰：“为杀妻室做楚囚”。
写字看书不过是打发时间，坐牢的心情总是落寞的。不过这期间家里传来了一个出乎意料的好消息，张灵甫走后不久，邢凤英发现自己怀孕了，十月怀胎生下了一个男婴，这是张灵甫的第一个儿子。
随着儿子的出世，张灵甫似乎时来运转，没过多久，他竟然被赦罪释放了。据他家人的回忆，之前南京曾派人去西安调查过张灵甫的情况，来人一走就爆发了西安事变，之后张灵甫便获释回到了西安。也就是说，张灵甫的获释，并不是一般认为由于抗战爆发而与其他戴罪军人一起获得政府大赦，而是在1937年初就被释放了。
