陈宗立插手此案的消息终于被青海省委获悉，杨小民的庇护者们都很恐慌，于是这些当权者给他设置了种种障碍，有关领导软硬兼施，通过陈宗立熟悉的人来劝说，要陈宗立罢手，陈宗立不为所动。该省的一位领导非常恼火，多次在会议上指责陈宗立是“特务”，是“自由化分子”，并公开骂“《光明日报》不光明”。那股保杨势力变本加厉地对陈宗立进行攻击，不断给陈宗立发匿名信、漫画、打匿名电话：“喂，你是《光明日报》记者吗？小心你的狗头……”对他进行人身攻击、恫吓和威胁。一天晚上，陈宗立正准备休息，突然“啪”的一声震响，他的玻璃窗被打破，一块石头穿窗而过，落在他的室内。陈宗立追出去，人却跑了。很多次，陈宗立晚上从办公室回来，发现后面有人跟踪。这时候陈宗立才领略到，他面对的这个权力网络是多么的巨大，在这个网络面前，他显得多么渺小。他不解，我们党的有些领导干部什么时侯变得这么冷酷？使他感到不能容忍的是，作为共产党的领导干部，作为人民的“公仆”，为什么这些领导这么不讲原则？这样置普通群众的死活不顾？他们的良知哪里去了？
陈宗立的处境日趋恶劣，在这种情况下，一批支持陈宗立的各界人士自发组织起一些人暗中保护他。于是就出现了跟踪与反跟踪的现象。省委省政府机关的一大批干部也偷偷为他提供各种信息和证据，包括公安、法院和检察院的同志。这么多人的暗中支持给了陈宗立巨大的力量。
陈宗立、李蔚在第二篇情况反映中关于请中央派调查组的建议很快被采纳。1984年12月，中央整党指导委员会会同最高人民法院、最高人民检察院组成调查组赴青海调查。此次调查历时4个月，查清楚了杨小民杀人案以及包庇其重罪轻判的事实。
1985年7月31日《青海日报》头版头条报道：1985年1～2月，中央整党指导委员会会同最高人民法院、最高人民检察院组成调查组，查清了事实。调查组认为：省法院在审理此案中很多做法和说法都是错误的，是歪曲事实的，实质上是官官相护，包庇罪犯；省法院对此案的错判负有直接责任；省委和省委主要负责人负有重要责任。这一错案由于长期得不到纠正，给党的形象和国家法律的尊严造成了严重的损害，应彻底纠正。
1985年6月13日，中央书记处专门就杨小民杀人案召开第212次会议。在我国解放以来的历史上，中央专门就一个杀人案件召开书记处会议进行讨论恐怕是第一次。书记处会议认为：“此案搞了5年之久，青海省的群众意见很大，要尽快解决。有些地方搞封建主义、家族关系、官官相护，应引起严重注意。在这个案子的错判和长期未予纠正的问题上，青海省委的一些领导同志是有责任的。对那些在此案中徇私枉法的人，不管是谁，都要实事求是地予以严肃处理。”这次会议后，中共中央办公厅还专门发出第228号文件。
7月初，中央再次派出由中指委、中纪委、中组部、最高人民法院、最高人民检察院等单位联合组成的工作组，协助青海省委和有关政法部门纠正这一大错案，对杨案错判中的责任者进行调查，同时提议司法机关依法重新审理此案。
