但是政见与信仰隔不断姐妹之情。宋庆龄常对人说：“美龄十分聪明，她拉丁文比我好得多，在音乐上也很有天赋，钢琴弹得特别好。”蒋介石叛变革命后，她与宋美龄走向了两条道路，但却一直保持着友好情谊，她们经常在电话里用上海话亲切交谈。宋美龄还特别为姐姐安装了一部对外不公开的电话，并把长途军话台供蒋宋夫妻联系用的绝密电话号码告诉庆龄。宋庆龄与宋子文虽政见相左，但姐弟情谊笃深，弟弟送给她的一只小型金壳收音机和一架“施特劳斯”牌钢琴被她视为珍爱之物，陪伴宋庆龄度过多少孤寂的日夜。
人到晚年，宋庆龄愈加思念远在海外的同胞手足。一次她对身边的工作人员说到：“你和我一样，也是三兄弟、三姊妹，可是我却无法和他们通信。”每次海外来人，她总是设法打听姐妹兄弟的情况。在差不多长达30年的时间，宋、孙两个家族都很少有人和她来往。她内心极其难过和伤心。有一回，海外有人捎给她一张美龄的近照，宋庆龄端详良久，口里还不停念叨着：“我和三妹很久没有见面了”，双眼充满思念的泪花。
姐弟6人中，宋庆龄和幼弟宋子安的关系最为要好，认为子安最了解她。“文化大革命”中，宋庆龄几次托人捎去口信。希望在有生之年见他一面，以叙姐弟之情。1969年，宋子安病逝，宋庆龄不顾当时种种禁忌，发去电报以示哀悼。宋庆龄去世后，子安夫人率家人特地从旧金山致电，对姐姐的故去献上一片怀念之情。宋庆龄与二弟宋子良关系始终很好，因此1929年曾作为家中代表赴沈阳迎接二姐从柏林回国参加“奉安大典”。病重时刻，她仍期望有朝一日子良能重返故土，并委托身边亲友帮助接待，1981年5月22日，子良从纽约发来慰问电，对二姐患病在身不胜难过，远在千里之外为她的康复而祈祷。然而姐弟团圆终未能实现，这成为宋庆龄一生中的最大憾事。
