除了有针对性地做思想工作以外，团里还尽可能在工作和生活上给王宝玉以更多的帮助和照顾。团领导为王宝玉改善夫妻关系尽可能创造机会和条件，借其妻子回青岛老家生孩子的机会，特批准他单独去青岛疗养院疗养和休假，时间长达两个多月。实际上，这造成了管理上的失控。因为这段时间，正是社会上资产阶级自由化思潮泛滥的时候，这也是造成王宝玉政治立场发生根本变化的一个重要原因。
不过，随着改革开放逐渐深入，飞行员的待遇也在不断提高，再加上其家属工作安置及生活方面的问题都基本解决，王宝玉也有了“新”的变化，工作表现勤奋积极，平时的怨言和牢骚少了，家庭关系也有了缓和，群众关系日渐融洽。这些“进步”确实达到了他预期的效果，1990年5月，团领导鉴于他“进步”较大，便撤销了其思想工作重点人。
其实，这期间王宝玉在“积极进步”的掩盖下，已经开始秘密准备驾机叛逃。他利用训练和演习的机会，仔细研究周边国家机场的数据、航线、气象等方面的资料，并将相关数据熟记在心。
8月25日，王宝玉终于找到机会，借飞行训练之机实施驾机叛逃。这时，他已下定决心投奔西方的“自由”世界。登机前，他把自己的手表送给了与他交接飞机的飞行员，尽管他们是航校的老同学，但这位飞行员还是感到有些奇怪，以为王宝玉是嫌戴手表碍事请他暂为保管而说的玩笑话，所以也没太在意。随后，王宝玉转身登机，旋即起飞，正常出航，到达预定空域后，突然转航脱离编队，超低空直向苏联远东符拉迪沃斯托克方向飞去。
引渡与审判
此时，由于中苏已恢复正常关系，所以王宝玉驾机叛逃事件发生后，两国马上启动了外交程序，以期通过外交途径使这一问题尽快得以妥善解决。
