苏哈托“祸水东引”
在清共过程中，军方还将目标对准了苏加诺的总统权力。1966年3月11日，3名将领来到苏加诺的茂物行宫，迫使苏加诺签署所谓的“三一一命令”，把行政权力移交给苏哈托。1967年3月12日，军方操纵的临时人民协商会议一致通过撤销对苏加诺总统的任命，剥夺其所有职权。苏哈托也开始了他对印尼长达30多年的铁腕统治。
1965年那场屠杀将苏哈托带到了印尼权力的巅峰，在当时的国际形势下，亲美反共成了他对内实现印尼民族的认同，对外提升国际地位的快速途径。而当时正值中国处在“文革”前夕的特殊时期，“极左”思想蔓延到了社会政治生活的各个方面，外交政策也受到了严重的侵蚀，对于“红色革命蔓延到东南亚”的恐惧使得印尼更加紧了对中国的警惕和排斥。印尼军方将中国视为印尼共产党的后盾，“9·30”事件因此被祸水东引到了华人身上。
其间，印尼军方曾诬称有9名大雅族（印尼高山原住民）长老被华人所杀，挑拨大雅人对华人的仇视。报仇心切的大雅人，在许多华人住所前放置盛有鸡血或狗血的红色土碗。这就是大雅人复仇的记号，任何大雅人见到红碗，都有责任将屋里的人赶尽杀绝。
根据幸存者的陈述，至少有好几个地方发生“屠村”事件。“沟水都变成红色”，“大雅人杀华人，就像杀鸡杀鸭一样”。美国中央情报局曾把这段悲剧称为“20世纪最惨的集体谋杀”，具体罹难人数，迄今没有确切数据。据中情局后来的调查报告，截止1966年4月，大约有25万到50万人被杀，另有大量入狱者；据印尼官方在1975年公布的数据，则为45到50万左右。真实数字当远不止此。据美国驻印尼大使马歇尔·格林披露，当年的大屠杀，“并不区分谁是华人共党分子，谁是印尼公民”。
